Если договариваться о брони и оплате на месте непосредственно с отелем на Сейшелах без агрегаторов , можно будет внести этот объект размещения при заполнении разрешения на въезд ?

Можно.

Я написал в отель на почту. Договорился об оплате по приезду , у меня попросили имена и номер паспорта и прислали что-то вроде скана приглашения.

И я его прикладывал для разрешения.