Планируем брать билеты на Маврикий, есть два варианта одного и того же рейса Москва-Дубай-Маврикий

Такого не встречал. Были варианты либо турецкими лететь, либо эмиратами. Но главное помните, если вы берете сразу трансфер, то опоздание на пересадку - это головная боль авиакомпании. Если сами организуете пересадку - это ваша головная боль))))

Если вы покупаете через агрегатор типо trip com, то нужно проконтролировать чтобы они не оформили билеты Дубай — Маврикий на бланке Air Mauritius, хотя рейс выполняет Emirates. В этом случае нельзя будет выбрать места заранее на этот рейс, потому что Emirates не будет видеть эти билеты. В остальном разницы нет, короткий транзит Emirates не проблема, так как следующий рейс тоже они выполняют, помогут, направят в аэропорту

Не в чем. Летите одним блоком. Чемоданы забираете сразу на Маврикие.