За сколько в среднем можно снять отель в удобном районе, учитывая что по сути в нем будем только спать и ходить в душ? Присмотрел аппу в уэно, 40000 рублей за 5 ночей, это нормально или можно найти побюджетнее?

На 5 ночей по идее нормально,ну и аппа хороший отель, не из дешёвых. Можно еще посмотреть Toyko inn сеть. Но её нужно очень сильно заранее. Например, мы едем в марте, забронировали в октябре все. И уже почти не было номеров на нашу большую компанию. Если вы один-два человека, можно попробовать

Квартира +- 7000-8000 йен / сутки. Дальше думайте сами)