Планирую покупать билеты в Японию, один билет Москва-Пекин-Осака, второй – Токио-Ченду-Москва, то есть не единый туда-обратно, а по сути два билета.

Никаких вопросов не должно быть. Оба маршрута прикладывайте. В плане путешествия нужно написать: 1й день прилёт в аэропорт (Кансай, наверное?) г. Осака. Последний день: вылет из (Нарита/Ханеда) г. Токио.

Почти все так и берут) пишите один маршрутный лист ( в этом же и смысл, в нем вы и пишете весь свой маршрут где и когда будете и что будете там делать)