Подскажите,пожалуйста, если вылет с Москвы в Пекин задержат,а рейсы все одной авиакомпании и планируется вторая пересадка,то какова вероятность,что China Eastern посадит на ближайший рейс и все-таки отправит до Токио?

Посадят на ближайший рейс, на котором будут места. Или заменят авиакомпанию за их счет с Вашего согласия.

если вы в аэропорту и рейс задержали, то вас пересадят на другой.

если вас предупредили по почте заранее, что рейс меняет время вылета, то нужно обменять билет