И как проходит регистрация в Пекине? Нам не выдали электронные билеты, у нас есть только бумажка с номером билета. Они как-то по базе найдут?

Виза не нужна. В Пекине идите по знакам трансфер/транзит, при себе иметь распечатанные маршрутные квитанции на рейс до Японии (если при вылете из РФ вам не дали сразу 2 посадочных). Если второй посадочный на руках, то идете дальше на досмотр и погран контроль, и всё, вы в зоне вылета