Подскажите, Собираюсь лететь в РФ, изменить букву во внутреннем паспорте и через 2 недели улететь обратно, не меняя сразу загранпаспорт.

При вылете из РФ никто внутренний паспорт не смотрит

По идее, могут и даже должны аннулировать паспорт по новому закону. Зависит от того, поступит ли информация в базу данных погранслужбы. Была информация, что пограничники аннулировали паспорта из-за неправильного написания фамилии.