Подскажите пожалуйста, я правильно понял, что в пункте "Point of embarkation" я указываю Пекин ибо прилетаем в Японию именно из него?

Нет, надо указать начальный аэропорт, а не транзитный. При заполнении есть подсказка с примером. Но это вроде не так важно, мы первый раз в Японию неправильно заполнили этот пункт и никто ничего не спрашивал. В этот раз заполнили правильно.