Подаюсь на визу Португалии D3 + семья. Подскажите, какие из этих документов необходимо апостилировать, а где достаточно нотариальной копии? - 2ндфл? - трудовая книжка? - справка о налоговом резиденте?

Аростилировала только диплом и свидетельство о браке (то есть только то, что выдаётся органами). В вашем случае справку из налоговой скорее всего нужно будет апостилировать.

Правда я не 2ндфл, ни трудовую не подвала вовсе.

Ничего из этого не нужно апостилировать. Апостиль только справки о несудимости, свидетельства о браке/о рождении детей, на диплом по Д3.