Может ли супруга подать на гражданина Кыргызстана (имея гр. РФ), если ее супруг и дети- граждане Кыргызстана на основании межгосударственного соглашения с РФ, Казахстана, РБ, КР?

Теоретически, возможно. Но без минимум годичного непрерывного проживания на территории КР будет отказ. А вы сами уже получили гражданство по соглашению или в теории интересуетесь? Спрашиваю, потому как тема первичного получения гражданства сейчас не реалистична с вашим основанием.