По какому паспорту покупать ЖД билеты в Казахстан из России? ребенку до 12 лет как ?

Я не вижу проблем: и себе и ребенку берете на загранпаспорт (по аналогии с авиабилетами)

По любому паспорту, но зависит от цели визита. ребенку можно по свидетельству, но обязательно с печатью гражданства. А лучше загран. С января только по заграну будет.