Если подруга купит нам в Японии заранее по ее иностранной карте 2 билета на поезда - себе и на мое ФИО (если там это так делается), то будет ли это проверятся? в плане на чью карту куплен билет? Или обязательно сам себе должен купить?

сами билеты не именные (по крайней мере на экспрессы и шинкансены, не знаю насчет ночных поездов). В кассе или через автомат если покупать на одну карту вообще без проблем покупать несколько билетов.

По ваучерам (когда онлайн покупают ваучер и потом обменивают на реальный билет) не могу сказать.