ВПланирую из Киото доехать до Фудзикавагутико через Нагою или Мисима (в идеале без использования синкансена) в ноябре. Реально ли это? Есть ли другие ветки поездов (частные линии)?

Можно конечно локалами добраться, но лучше уж тогда автобусами напрямую из Киото, или из Киото до ближайшего к Кавагутико, например Кофу.

5-6 часов и вы на месте без синкансена. В навитайме набираете и он вам строит маршрут.