Едем на осенние каникулы, Останавливаемся в Калининграде. Любим гулять и смотреть архитектуру.

Картинная галерея, музыкальный театр (!), музей или Альтес Хаус,или Дом с горгульей и зоопарк в хорошую погоду Еще органный концерт и советую с н а ч а л а взять автобусную обзорную экскурсию по Калининграду

Я бы из обязательного выделила Кафедральный собор с экскурсией и мини концертом, Альтес Хаус, Музей Янтаря ради самого здания музея, Прогулка по пр.Мира, району Хуфен и Амалиенау (можно взять экскурсии в том же Альтес Хаус). Из того, что сами не успели и отметили как обязательное на следующий приезд как раз экскурсия по Хуфену, Дом с Горгульей, Фридландские ворота (музей). Раз едете на каникулы, то, видимо, с детьми, поэтому Музей Мирового океана (как минимум прогуляться по набережной, как максимум посетить НИС Витязь или НИС Космонавт Пацаев).