Правильно ли я понял, что при заполнении данных для получения такс фри в Японии нужно поставить Yes в графе Will use Tax-free QR Code? Или код выдадут потом?

Лучше No Вас не будут мучать с фото и этот код практически никому не нужен

можете поставить ЙЕС и искать точку на планете где ваш паспорт сфотографируется

можете поставить НОУ и спокойно получать таксфри по паспорту. в любом случае по QR коду не везде возвращают, а паспорт нужно носить с собой