Подскажите, стоит ли на всякий случай брать российский паспорт в Японию? До этого слышал совет, что лучше брать на случай, если потеряешь загран, чтобы хоть какие-то документы были.

Достаточно копии документов на всякий

когда беру, когда нет. но я ни разу ничего не теряла.

Да, стоит. Во-первых, при потере загранпаспорта проще получить СНВ. Во-вторых, до аэропорта вам ехать по России, а полицейские при проверках очень не любят загранпаспорта.