Вопрос , не будет ли вопросов на границе , если у меня в паспорте написано имя через Evgeniia, а в билете через ya ?

Могут быть и не только на границе но и при регистрации. Стоит изменить билет как написано в паспорте.

На границе нет, могут быть на регистрации, но разные авиа относятся по разному к транскрипции, но это нужно знать как китайцы ( я так однажды летала : у меня было даже в начале фамилии, что хуже, но вопросов не было и в письме об этом представители а/к написали, чтобы не волновалась, но это была ближневосточная авиа)