Делаю визу в Японию. Мы с мужем официально работаем. Но я работаю на удаленке, а офис в другом городе.

Можете. Нет, не понизит

Подача со по спонсорскому письму не снизит шанс на получение визы

Но вот если вы будете из тех редких случаев, когда просят выписку из ЭТК, то это снизит ваш шанс, наверное, до нуля - внесение недостоверной информации в анкету.

Если вы подаетесь в Москве, то срок справки с работы 30 дней, если в Питере - 3 месяца. Может успеет прийти?