Бабушка с ребенком 14 лет хотели выехать из Калининграда в Германию, не впустили в автобус аргументировав тем, что у мальчика нет загран паспорта рф, а только внутренний и имеются загран Украины(

Если мальчик - гражданин рф и Украины, и у него есть только внутренний паспорт рф и загран Украины, то он может попасть в Германию только через страну, куда можно попасть по внутреннему паспорту рф - то есть это, например, Армения или Казахстан

Никак , раз мальчик гражданин РФ, то и выезжать из России он должен по загранпаспорту РФ Можно попробовать, например, из России в Казахстан по внутреннему российскому выехать, а въехать и выехать из Казахстана по украинскому.