Подскажите пожалуйста, на сайте Ecert оформляется тот сертификат, который обычно в аэропорту получают в обмен на вет. справку №1?

Да, вы заполняете и указываете где будете его получать, аэропорт (какой) или пеший переход и др. Там также написано, что тогда его там вам выдадут.

Можно ещё ВГНКИ указать и у них забрать заранее (бесплатно), если в Москве.