Кто имеет опыт подачи на визу в Японию, подскажите, как посольство проверяет, реально ли ты работаешь в организации, которая сделала справку о трудоустройстве?

Никак

Могут напугать вопросом: а если позвоним, там подтвердят, что вы работаете?

Могут попросить копию трудовой /выписку из электронной трудовой

Но это, если совсем подозрительно всё

Буквально пару описанных случаев

Вы кстати им номер своей работы оставляете, так что в теории не сложно проверить. Но я не знаю были такие кейсы или нет.