Планирую ехать в Казахстан на автобусе из России,затем вылетаю из Казахстана транзитом в Милан. Форму ф1 я в любом случае получаю в России? Или ее придется оформлять в Казахстане в аэропорту?

В России. И не только ф1, но и евросертификат (в россельхознадзоре).

Форма Ф 1 нужна для пересечения границы. Поэтому получаете её в РФ., но прописываете в ней весь маршрут

Оформляйте лучше все в России, есть подозрения что в Казахстане у вас это займет больше времени. Ну и титры с выдержкой у вас должны быть.