В Японии есть вообще обычные поезда, не шинкансены? К примеру, из Осаки в Токио? Может, на них просто нет билетов онлайн, только в кассах?

Есть один ночной поезд, стоит дороже синкансена

прямых нет.

есть ночной санрайз, но цена вам не понравится

если нужно дешевле - то ночной автобус

Электричками добираться из Токио в Осаку (или обратно) вчетверо дольше и на порядок менее комфортно (неудобные сидения, а то и вовсе придется стоять как бы ни половину пути). А цена всего на треть ниже.

По отношению цена-качество (учитывая удобство и скорость) другим видпам транспорта до синкансена далеко.

Есть другие железнодорожные компании со своими поездами и экспрессами, но покрытие у них обычно региональное. Билеты на сайтах самих компаний, типа Tobu, Kintetsu и иже с ними. На дальние расстояния шинкансен самая адекватная опция из ж/д.

Есть обычные электрички. Надо будет сделать несколько пересадок, но пересадки максимально быстрые, чаще всего перейти на другую сторону платформы.

Билеты в кассах, онлайн не продают. По цене и по времени примерно как на автобусе.