Подскажите, пожалуйста, если нас трое подруг едут в Японию - может одна подруга подать на визы?

Может, но условия зависят от города подачи.

Если в Москве — От каждого совершеннолетнего заявителя, не присутствующего на подаче, требуется доверенность в простой письменной форме с указанием контактных данных доверенного лица. Нотариального заверения не требуется. При получении — доверенность не требуется.

Если в Питере — доверенность нужна в случае подачи и получения паспорта через доверенное лицо. От каждого совершеннолетнего заявителя - письменная доверенность в свободной формулировке с указанием контактных данных и данных внутреннего российского паспорта доверенного лица. Нотариальное заверение не требуется.