Скажите, пжлста, сейчас гражданин Латвии, может из Латвии приехать в Калининград, а затем на поезде приехать в Москву, а затем на автобусе до Риги?

Может при наличии вклеенной в пасп визы.

Вам нужна минимум двукратная виза РФ или мультивиза. Однократная не подойдет. Вы на поезде покинете РФ и однократная виза погасится. С однократной на самолете из Калининграда в Москву.