Ситуация следующая, подавался на визу Японии, в паспорте был туристический штамп из отеля в Австралии, позвонили сказали что эти излишества не понравились дипломату при рассмотрении, сделал новый паспорт, теперь на руках два паспорта.

Никаких проблем

Дополнительно к заявке приложите ваше письмо об уведомлении авиакомпании об этом и общую объяснительную что произошло

Авиабилет с новыми данными загранника вам вряд-ли пришлют. У меня так же были билеты куплены на старый, получил новый. Поменял через агрегатор где покупал билеты данные, правда это заняло у меня час времени, не знаю почему так долго у Вас. В распечатке для визы руками поменял номер документа