Подскажите, пожалуйста, выгодней ли снять наличные иены с карты Unionpay в японском банкомате (конвертировать сразу из рублей), чем покупать наличные доллары в России и потом в Японии менять их на иены? Какие проблемы могут возникнуть?

Посмотрите конвертацию и комиссию по вашему банку и курс доллара - станет понятно

По мне проще и выгоднее доллары

Проблемы с ЮП могут (если у вас РФ карта) возникнуть из-за санкцией (введут их на банк и все - вы без денег в Японии остались, как в прошлом году было с Газпромом: много людей с ней тусили, не увидели новость что санкции ввели так как не читают в отпуске новости в целом - пришли в магазин, а карта уже не работают, так как в течении суток, условно, она «сдохла»).

ЮП хорошо иметь с собой как доп карту/деньги и тд, но не как единственный источник денег

Проблем при обмене налички долларов на йены в Японии нет никаких