Такой вопрос, мне надо провести оплату в Малайзии по номеру, но мой банк ( казахстанский) запрашивает именно 16 цифр.

Это странно. Международные переводы не должно быть ограничений. Или может вы выбираете формат счета IBAN, а надо выбрать именно Account number. В Японии вообще счета 6-значные есть