Кто-нибудь может объяснить, как работает оплата проезда, почему почти всегда разная сумма за проезд, и почему в каких-то автобусах надо несколько раз прикладывать карту, а в каких-то не надо?

Если маршрут городской, то оплата списывается сразу, обычно двузначные, если автобус пригородный, 1хх, 5хх то сначала фиксируется остановка начала поездки, по выходе конец поездки и списывается стоимость поездки. Если карту не приложить при выходе, то спишется стоимость до конечной остановки.

Стоимость проезда у разных перевозчиков отличается

Оплата зависит от расстояния какое вы проедите, если вы допустим сели в Сириусе а этот маршрут идет до Сочи, а вам надо выйти в Адлере, то по карте когда вы пикаете один раз, а второй раз при выходе не приложите, с вас высчитают полный проезд от Сириуса до Сочи, а если вы будите выходить в Адлере то стоимость будет другая, и так на всех маршрутках пригородных. А у тех маршруток которые в внутри курсируют одна фиксированная цена, вроде так тут с оплатой.