Направляюсь из Москвы в Вильнюс, хотел бы уточнить работает ли способ с поездом ( Москва - Калининград)

А в чём проблема сделать биометрический? Все страны уже на такой переходят.

Способ абсолютно рабочий. Биометрия не обязательна в случае поездки на поезде. Чтобы меньше штампов в паспорте было желательно упд-жд при покупке билета заявить. Поездка поездом займет примерно сутки. Если ехать Янтарем, то можно спокойно идти пешком везде - там ближайшая электрички из Кибартай в 17 часов. Если 147 то надо брать такси до границы и от границы до вокзала, тк электричка в 10 утра уходит и прямо впритык все.

Не обязательно биометрический паспорт, если у вас второй паспорт Литовский