Едем на поезде из Калининграда до Москвы, будут в паспорте штампики транзита Литвы и Белоруссии, это надо указывать в кета Южной Кореи, как последнее посещение страны?

Последние страны указываете на момент подачи кеты, а не момент поездки

И при поезде в Калининград у вас не будет штампов Белоруссии или литвы

Нет. У меня тоже такие есть, но я указывала страну где была туристом.