А в случае отказа в визе в Японию, купленные билеты просто сгорают и деньги никак не вернуть?

Вы можете купить билеты с возвратным тарифом и вернуть всю или почти всю стоимость, но они будут дороже

Невозвратные - да. Знаю лишь одной случай почти полного возврата оплаты за невозвратный тикет, но там у человека 4 стадия рака обнаружилась.