Подаю документы на визу Испании. сдавала отпечатки для шенгенской визы последний раз 6 лет назад. Надо ли на вопрос о том, сдавала ли я отпечатки при этом отмечать Да и указывать номер той давней визы? Или так как прошло более пяти лет, ответить Нет?

Лучше да чем нет 😉

faq на сайте: Q: Я уже сдавал биометрические данные в прошлом году в Консульстве Франции. Нужно ли мне сдавать повторно?

Ans: В случае, если вы сдавали биометрические данные при обращении за Шенгенской визой в любое другое Консульство страны Шенгенского соглашения, биометрические данные в течение 59 месяцев повторно сдавать не нужно. Обращаем Ваше внимание, что Консульство Испании имеет право запросить пересдачу биометрических данных на любом этапе рассмотрения документов

А это без разницы. Как хотите, так и отвечайте. Биометрию все-равно каждый раз сдавать, независимо насколько она старая или новая.