Подскажите кто сталкивался, можно ли ребёнку 16 лет с гражданством России одному ехать на поезде в Казахстан?

Можно, если есть нотариально заверенное разрешение от родителей.

В правилах перевозки РК сказано так: Детям от 15 (пятнадцати) лет и старше допускается проезд без сопровождения взрослого с письменного согласия его законного представителя, удостоверенного нотариально в оригинале, либо в форме электронного документа посредством сервиса цифровых документов. При посадке в поезд несовершеннолетний пассажир предъявляет данное согласие проводнику в оригинале, либо в форме электронного документа посредством сервиса цифровых документов.