Подскажите пожалуйста, можно ли забрать паспорт в другой день или только в тот день, когда назначили при подаче документов на японскую визу?

Ну, не сожгут же они его на следующий день перед очередью, что б все вовремя забирали

Конечно, можно в другой день. Но, желательно, сильно не затягивайте