А как то можно вывезти сумму, превышающую 100к йен, при условии, что их было намного больше при въезде?

Законно можно, только если вам даст разрешение японский минфин. Они за неделю офомляют тем, кто не турист, а был с деловым визитом. Для этого туда обращается организация, в которую человек приехал поработать. А если вы ввезли много больше 100к йен (и в долларах, и в рублях), но были туристом, вам не поможет.

Да не будут Вас обыскивать, спрячьте в карманы ручной клади лишнее, оставьте в кошельке что положено, нас в Осаке вообще не спрашивали о деньгах