Если из Испании гражданину РФ лететь в Чехию, есть ли шанс, что его там как-то вычислят, аннулируют шенген и т. п.? В Чехию по визам С вообще для граждан РФ запрещён въезд.

Через внешние границы въезд запрещен. Внутри Шенгена можно ехать абсолютно легально

Запрещен въезд из нешенгена. А вы- внутри. Это как из Питера в Москву. Приложил тел.к сканеру и прошел.

99% ничего страшного. Вы уже внутри Шенгенской зоны. В Чехию не пустят с русским паспортом если вы въезжаете напрямую из третьих стран(Турция,Армения,Сербия и т.д).Из Испании,например в Прагу Вы прилетаете в Терминал 2. Там по прилёту нет проверки документов.

Мы прилетали из Германии, все в порядке) летим в конце июля тоже в Прагу из Португалии, даже не переживаю, что не пустят) Они внутри Шенгена документы не проверяют

Там нет погранконтроля, буквально в пятницу летал в Прагу. Другое дело что перед посадкой сотрудники аэропорта смотрят документы, могут не посадить на самолёт.