У меня 10 штампов Армении, но была все разы транзитом, не будет ли у меня проблем с транзитом в Баку (Я гражданка России)

Не будет никаких проблем. Максимум зададут пару вопросов.

У меня, конечно, не 10, а всего 3, но проблем не бывало.

Если у вас только транзит, вряд ли будет проблема.