Подскажите, пожалуйста, был ли у кого-нибудь опыт получения второго заграна, пока ждешь одобрения визы Португалии на первый? Нет ли с этим проблем?

Без проблем. У меня и второй на 10 лет.

Можно иметь два биометрических

Можно два биометрических, или можно первый старого образца и второй биометрический.

Если наоборот первый биометрия, то его аннулируют, если второй делаешь старого образца.