Если при получении визы бронировали отель в Афинах, а полетим на Крит, это критично или нет? Страна, вроде одна

Если консульство проверит, то критично. По правилам Вы должны уведомить их об изменении планов заранее. Но иногда сразу визу аннулируют даже если предупреждаете

Вам нужно забронировать те отели, в которые вы действительно будете заселяться, это минимизирует риски аннуляции при выборочной проверке. Если подадите, например, бронь в Афинах на дня 2-3, а потом две недели на Крите, то это будет более правдоподобно и повысит шансы на получение визы скорее всего. Подавайтесь с тем маршрутом, с которым реально планируете ехать. Рисков меньше и менять потом не придется.