Подскажите маршрут из России в Токио как лучше всего лететь ?

Если у вас стандартный маршрут, то прилетайте в Осаку и улетайте из Токио

А вообще смотрите по стоимости билетов, как дешевле, так и летите

Большинство летит через Китай (Пекин, Шанхай). Есть рейсы через Доху, Абу-Даби, Стамбул… как правило, они дороже, а по времени, плюс-минус, так же