Подскажите, пожалуйста, гражданин РФ въехал в Казахстан 1 апреля, устроился на работу 17 апреля. если подать на РВП сейчас, будет ли это нарушением?

Да

До конца июня нужно сделать РВП или уехать

Вопрос конечно интересный. Граждане РФ (как и граждане любой страны ЕАЭС) имеют право на трудоустройство в РК и без РВП. Другое дело, на какое и на каких условиях, но видимо человека всё устроило. Да, он может в течение разрешенных 90 дней пребывания в РК подать на РВП, тем более если уже есть работодатель.