Подскажите, лучше снять один отель на все путешествие в токио или лучше несколько разных в разных районах? )

зачем тратить драгоценное время на сборы/переезды/заселения. вы все равно в отелях только спите

Далековато отель. Рассмотрите Гинзу, Акихабару. Они удобно расположены относительно друг друга и прочих туристических мест. Если вы из Токио уезжать не планируете, то одного отеля достаточно