Ни у кого не было такой ситуации что нечаянно превысил срок нахождения дни в шенген зоне ? После этого выдают визу шенген ? Или вообще нет

Как это нечаянно и на сколько дней превысили? Если на сутки из-за задержки рейса, то это одно, если месяц - другой расклад. Все даты ваших перемещений видны в общей базе. Дальше- на усмотрение консульства. Чаще отказы в визе бывают после нарушения визового режима.

Если в sis нарушение занесли, то не дадут. Если не занесли, то могут и не заметить.