Если рабочая виза, то нельзя отсутствовать на Кипре более 90 дней подряд. То есть в течение года можно выезжать n-раз по 89 дней? Есть какие-то ограничения за год, например?

Если вы так будете выезжать, то возникнет вопрос о налоговой резиденции

технически нет ограничений. можете раз в 3 месяца на пару дней на планёрку прилетать, особенно если в трудовом есть пункт про возможность удалённой работы. Просто другого характера вопросы могут возникнуть потенциально. Банки ЕС/Швейцарии такое "резидентство" не особо любят, например