Подскажите, пожалуйста, возможна ли подача документов на визу в Японию во Владивостоке в моей ситуации: я постоянно проживаю и работаю в Приморском крае, но имею новосибирскую регистрацию.

Да

Вы можете подать документы в любом японском консульстве в России

Они не имеют территориального деления

Новосибирская область относится к консульству японии, находящемуся в городе Москва. Вы конечно можете на удачу попробовать подать документы в консульство Владивостока, но вам лучше заранее спросить по телефону примут ли они у вас документы из-за отсутствия постоянной и временной прописки в Приморье. Если скажут, что можно договор найма жилья или договор аренды приложить и написать объяснительную, тогда может и прокатит + выписку с трудовой о том, что вы в Приморье работаете и справку с места работы. Им нужно доказывать связь с регионом в котором вы проживаете.