Были в Израиле в мисрад апним по продлению Алеф 5 - ни одного документа не попросили, кроме паспорта в который ставить визы.

Тогда у вас какое-то недопонимание с сотрудником произошло.

Теудат маавар оформляют только людям, которые не могут оформить паспорт в стране гражданства

В любом случае в теудат мааваре будет указано гражданство России и не будет гражданства Израиля.

На каком основании пограничник пропустит гражданина России в Европу, допустим, если по правилам гражданину России положено иметь визу, а про теудат маавар в правилах ничего не сказано?

Некомпетентность сотрудника, только и всего. Там будет запись «не гражданин», с которой без визы не пустят в Европу.