Подскажите пожалуйста в июле еду с грудным ребенком 3 месяца с Челябинска в Костанай , у нас там отец ребенка , так как депортирован

Поставьте в МФЦ печать о гражданстве на СОР ребёнка. Это пять минут. Ну и всё. Можно ещё до кучи ребёнка в паспорт вписать, но не обязательно.

если несовершенный гражданин РФ,то при выезде из РФ по свидетельству о рождении в нём обязательно должна стоять отметка о гражданстве РФ (или на свидетельстве о рождении или во вкладыше к свидетельству) или несовершеннолетний должен быть вписан в паспорт родителя, иначе на границе РФ не пропустят