Я в Токио часто езжу не на метро, а на поездах JR линий (не знаю как объяснить по другому) вот на них есть какой-то проездной/пасс? Или просто ic картой платить, как я сейчас делаю?

Есть. В пределах Токио не окупится. Просто платить.

Tokunai pass за 760 йен за сутки, но это только сам токио без пригородов и только jr. Если много ездить по городу, окупается.

Еще из выгодных есть проездной выходного дня (то есть не в любой день можно купить) примерно за 2600, но он записывается только на суйку. Он работает и в пригородах.

А до йокогамы и камакуры проездной не нужен, там копеечный проезд.