Если был на отдыхе в Пакистане, будут ли проблемы с оформлением визы в Индию?

Здравствуйте, не уверен, но, возможно, немного, это будет зависеть от вашей истории путешествий.

У нас не было никаких проблем.

Здравствуйте!

Пока что не было слышно ни про один такой случай, чтобы были проблемы (но это не гарантия, что их не будет в индивидуальном порядке). Обе страны в целом спокойно относятся к людям из (почти всех) третьих стран, которые посещают Индию и Пакистан с туристическими целями. Что, в общем-то, довольно мудро и правильно - туризм не связан с отношениями между странами.

Однако, посещение Пакистана может быть одним из множества доп сигналов для пограничной службы на тему дополнительного общения с вами, распросов и допросов, нужно быть к этому готовым (последнее время вообще стало много такого)